Les champignons et les bactéries peuvent s'accumuler dans les écouteurs, provoquant des infections et des inflammations des oreilles, voire des problèmes auditifs et, dans les cas graves, une méningite.  La sueur, les résidus cutanés et le cérumen favorisent la prolifération de ces micro-organismes. Il est donc important de ne pas partager ses écouteurs et de les nettoyer régulièrement. Une étude menée par UniMetrocamp Wyden a montré que des écouteurs utilisés pendant trois mois sans être nettoyés contenaient environ 10 000 champignons et bactéries. Pour nettoyer les écouteurs, retirez les embouts en caoutchouc ou en silicone et laissez-les tremper dans de l'eau tiède savonneuse pendant 20 minutes.  Séchez-les avec du papier absorbant, nettoyez les câbles avec de l'alcool isopropylique à l'aide d'un chiffon ou d'un coton, et utilisez une brosse à dents et des cotons-tiges souples pour désinfecter la sortie audio. Pour les écouteurs qui ne peuvent pas être mouillés, utilisez uniquement de l'alcool isopropylique avec un chiffon ou un coton, en nettoyant soigneusement la grille métallique et les câbles. Les personnes qui pratiquent une activité physique ou transpirent beaucoup doivent nettoyer leurs écouteurs après chaque utilisation, car l'humidité favorise l'apparition de champignons et de bactéries.